深化研究的內涵與應用，在有限的資源與人力下，將學程的研究重點朝向初期(五年內)、中期(五~十年)以及長期(十年以上)的規劃:

初期(105-109學年度): 以生醫材料、生物力學為主軸

中期(110-114學年度): 以臨床工程、醫學資訊為主軸

長期(115學年度): 以醫學電子與影像為主軸 

依此規劃，學程內教師與學生研究所需的軟硬體資源與設備將可有計畫地逐步擴增，並且在學程內教師研究在廣度與深度上能夠達到平衡。

參、本學位學程與世界學術潮流之趨勢：

1. 一. 隨著全球人口高齡化之趨勢及政府近年來大力推動生物醫學工程相關產業，且生物醫學工程技術對於醫療產業升級與醫療照護品質提升有密切關聯，因此，生物醫學工程已被列為國家十二項重點科技之一，「醫療保健產業」也列為兩兆雙星重大產業所明訂之十大新興產業。

二.秉持配合政府積極推動生醫科技產業發展趨勢，培育具備產業產出能力之醫學工程專長之學術人才，應用其紮實之基礎訓練，採理論、應用與實務三者並重的教學方針，配合電機及資訊的學能教育，在這一波生物科技革命的潮流中，必能有突破性的貢獻。

三.藉由本校與附設醫院密切合作研究關係，在跨領域合作下，進行各項醫療照顧自動化、復健設備、醫療輔具以及醫療機電整合系統等開發。